《通知》明确，食品药品监管部门和商务主管部门要积极推进药品零售企业分级管理；商务主管部门和卫生计生部门应积极会同发展改革、财政、人力资源社会保 障、食品药品监管等部门，调研总结各地在推进医药分开方面的做法、经验和成效，在公立医院改革试点城市，可探索由规模较大、质量控制严格、执业药师药事服 务制度完备、诚信记录好的零售药店，承担医疗机构门诊药房服务和其他专业服务的多种形式的改革，并切实加强医疗机构药事管理工作，推进临床合理用药；商务 主管部门和卫生计生部门应密切跟进改革进展，宣传推广先进典型，逐步形成医师负责门诊诊断，患者凭处方到医疗机构或零售药店自主购药的新模式。
《通知》要求有关部门要结合深化医改和医药分开试点工作，提高零售药店在药品终端市场上的销售比重，清理妨碍零售连锁药店发展的政策性障碍，缩短行政审批 所需时间；发展改革部门要依法查处药品生产流通企业与医疗机构在药品销售中存在的的各种价格垄断行为；人力资源社会保障部门要将符合资质条件的零售药店及 时纳入医保定点范围，逐步扩大医保定点零售药店覆盖范围。
此外，卫生计生部门要会同发展改革、财政、人力资源社会保障、食品药品监管部门进一步完善药品集中采购制度，充分考虑对基层医疗机构和边远地区的配送成 本，合理确定药品采购价格；商务主管部门要会同有关部门研究政策，鼓励大中型骨干药品流通企业向农村和偏远地区延伸销售和配送网络，增强基层和边远地区的 药品供应保障能力。