据介绍，这是自2012年5月电子普通护照上线后，公安机关出入境管理部门对出入境证件的第二次电子改版。相比现行（本式）往来港澳通行证，电子往来港澳通行证的外观、工艺、功能和申请、使用方式等都发生了一些变化。
更简洁
同居民身份证大小相当
据介绍，电子往来港澳通行证是参照有关国际标准设计制作的卡式证件，大小同居民身份证相当，便于携带和使用。通行证签注不再以贴纸的形式出现，而是以可重复擦写技术直接打印在证件背面，持证人无需频繁换证，降低了办证成本，通关查验时也不再需要加盖验讫章。
为方便持证人掌握签注使用情况，内地公安机关出入境管理部门将向持证人提供查询服务并可为持证人打印提示条，港澳地区主管部门也将在其总部及部分口岸设置自助咨询台，提供查询服务。
更科技
将存储应用持证人指纹信息
经国务院批准，电子往来港澳通行证将存储应用持证人指纹信息。除因指纹缺失、损坏等原因无法采集的以外，公安机关出入境管理部门对首次申请 电子往来港澳通行证的16周岁以上（含）的申请人，均将采集或核验指纹，对16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定。
已经申领电子普通护照并成功留存指纹信息的，在同一省、自治区、直辖市申领电子往来港澳通行证时无需再经过指纹采集程序，但要进行指纹核验。申领电子往来港澳通行证、签注的资格、条件与申领现行本式往来港澳通行证、签注完全一致。
更方便
事先授权可享受自助通关
一般情况下，旅客使用港澳地区口岸自助查验通道，须提前分别向港澳地区主管部门登记备案指纹信息。电子往来港澳通行证启用后，在持证人（或 其监护人）授权的情况下，内地公安机关出入境管理部门可在签发电子往来港澳通行证时协助将持证人的指纹模板信息同时写入内置芯片中的香港、澳门主管部门专 属应用区域，持证人可免于向香港、澳门地区主管部门登记采集指纹而享受到自助通关服务。
内地、香港、澳门对可以使用自助查验通道的最低年龄分别设置为7、16、11周岁（均含本数），对于年龄尚未达到此年龄标准的申请人，也可 以在办理证件时留存指纹信息，以达到上述年龄时可以使用自助通道。从通航港澳的空港、海港出境的持证人、持逗留签注赴港暂住人士以及赴港澳旅游团队出境的 持证人，暂不能享受自助通关服务。
提示：
有效期内的旧版证件仍可继续使用
记者了解到，电子往来港澳通行证启用后，仍在有效期内的现行往来港澳通行证（本式）及其签注（贴纸式）可以继续使用。持用本式往来港澳通行证的，可以继续申请贴纸式签注。持有本式往来港澳通行证但未持有有效签注的，也可以申请换发电子往来港澳通行证。