2016年12月，政治局会议和中央经济工作会议首次提出农业供给侧结构性改革，随后的中央农村工作会议讨论形成了《中共中央、国务院关于深入推进农业供给侧结构性改革加快培育农业农村发展新动能的若干意见(讨论稿)》。而从2016年钢铁、煤炭行业供给侧结构性改革的相关经验看，该《意见(讨论稿)》很有可能在2017年成为正式《意见》，由此农业供给侧结构性改革可能会成为2017年投资重点及热点。
长江证券研报指出，农业供给侧结构性改革出台的原因或在于制度缺陷、部分产品供需失衡、农产品供给效率偏低，以及粮食安全问题严峻：从制度上来看，我国土地经营权流转改革进程较慢，造成农民进城务工后农村耕地闲置率达到15%;部分农产品存在较为严重的供需失衡，玉米供给严重过剩，加之大豆供给严重不足并存;农产品供给效率偏低，亟待提升;农村环境污染，土壤污染越来越严重，粮食安全问题严峻。
调结构、提效率、增收入
2016年12月19日~20日于北京召开的中央农村工作会议强调，推进农业供给侧结构性改革，关键在完善体制、创新机制，加快深化农村改革，理顺政府和市场的关系，全面激活市场、激活要素、激活主体。推进粮食等重要农产品价格形成机制和收储制度改革，深化农村产权制度改革，改革财政支农投入使用机制，加快农村金融创新，健全农村创业创新机制。
华创证券一位不愿具名的分析师告诉《每日经济新闻》记者，因为目前农产品的产量是过剩的，所以供给侧结构性改革主要的目的是注重质量;其次，希望国内农产品的成本能够下降，然后去与国外接轨，具备国际市场的竞争力;最后则是不同产业的融合。
上述分析师指出，水稻和小麦从2017年来看影响应该不大，但玉米在今年肯定会做一些改革，国家肯定会减少玉米的种植面积，目的就是到2020年玉米的种植面积会达到5亿亩左右;另一方面，国家也希望给深加工企业比较多的补贴，进而把两亿多吨的库存消化掉。
“目前来看农业供给侧结构性改革对供需关系的影响不会太大，供给侧结构性改革最终的想法应该是通过土地流转来扩大种植规模，但这也应该是一个长期的过程。同时，种植规模的提升肯定是会有利于种业、化肥等这样的企业。但就目前来看，农业供给侧结构性改革对公司业绩的影响还看不到。”上述分析师说道。
招商证券的一位农业分析师则向《每日经济新闻》记者表示，农业供给侧结构性改革，第一是调整种植结构——过去玉米的种植面积“侵占”了大豆的种植面积，从而导致国内玉米的产量高、进口高和库存高的“三高”问题，现在通过玉米价格下跌的方式使得农户自发地放弃种植玉米，改种大豆或者其他粮食，从而达到调整种植结构、缓解国内库存压力的目的。第二，供给侧结构性改革未来将推动国内农业生产效率的提升、提高农民收入，一方面是通过规模化的种植，提升每个农户种地的面积;另一方面则是提升农产品的品质，从而提升价格，通过“优质优价”来提高农民收益。
分析师：看好农业深加工企业
2016年12月的行情都围绕“农业供给侧结构性改革”展开，而与以往的概念炒作相比，今年政府更注重农业供给侧结构性改革的力度和政策。从中央经济工作会议到农村工作经济会议，都说明农业供给侧结构性改革不仅将是短期性的机会，还很有可能演变为今年的投资主线。
中泰证券在研报中指出，种植链、饲料、禽链、农产品等农业子板块都将直接受益于农业供给侧结构性改革。以种植链为例，其改革主要体现在种植产业的结构调整，推动种植业生产方式的变革，部分种植效率低下、种植成本高的散户将被迫退出，而种植大户、家庭农场、农村合作社和农业产业化龙头企业等新兴农业生产主体的快速崛起，将带动我国农业现代化快速推进，并倒逼上游的种业和农垦的市场化改革加速。
《每日经济新闻》记者注意到，农业的行业巨头兼并重组已经开始。上周，经过国务院批准，中储粮总公司和中储棉总公司实施重组，中储棉总公司无偿划转并入中储粮总公司，成为其全资子公司，重组后的中储粮将成为国内最大的农产品企业集团，进一步增强国家农产品宏观调控能力。
上述华创证券分析师告诉《每日经济新闻》记者，“其实我认为农业供给侧结构性改革是一个炒作概念，现在这个时间点还比较难说投资机会。每年的农村工作会议召开前，市场都会开始炒作。然后在次年1月底或者2月初《一号文件》出台后就会出现卖点。但从原来市场的观点来看，市场还是比较偏好种植方面，例如登海种业、北大荒和中粮生化等这类深加工的企业。但作为投资者来讲，还是希望今后看到公司业绩得到改善。”
前述招商证券分析师则认为，规模化的种植，如种子、农垦等这种生产原料提供商集中度的提升，未来会是一个不错的投资机会。例如国内的种业、农垦龙头企业，隆平高科、登海种业、北大荒等;另外，对于“优质优价”的农业细分领域来说，未来在资源整合方面有能力，以及做中端品牌农业的企业，也就是全产业的企业会相对有一些优势。