发展农村沼气，实现畜禽粪便、农作物秸秆等农业农村废弃物的资源化利用，对于开发农村清洁可再生能源、防治农业面源污染和大气污染、促进生态循环农业发展、提高农产品(000061,股吧)质量和品质、增加农民收入、改善农村人居环境、巩固生态环境建设成果等都具有重要意义。
自2003年以来，国家发展改革委和农业部安排中央投资积极支持农村沼气建设，目前已累计投入404亿元。在中央投资带动下，农村沼气事业快速发展，并逐步由过去的以户用沼气为主向多元化发展新格局转变，取得了显著的经济、社会和生态效益。
不过，近年来，随着城镇化的快速推进和农业生产方式、农村居住方式、农民用能方式的变化，农村沼气发展面临着一些亟待解决的突出问题。
例如，农村户用沼气使用率普遍下降，农民需求意愿越来越小，废弃现象日益突出；中小型沼气工程整体运行不佳，多数亏损，长期可持续运营能力较低，存在许多闲置现象；沼气科技创新能力不强，“三沼”（沼气沼渣沼液）综合利用水平不高，一些工程甚至存在沼气排空和沼液二次污染等严重问题；农村沼气发展尤其是规模化沼气发展还面临不少体制机制障碍，各项扶持政策还不够健全，在管理上仍存在注重项目投资建设、忽视事中事后监管服务等问题。
不久前，国家发展改革委和农业部联合印发了《全国农村沼气发展“十三五”规划》，明确“十三五”时期的农村沼气发展，要以深化农村沼气转型升级作为主线，特别是将政策支持的重点放在生物天然气工程和大型沼气工程上面。
而要实现“十三五”农村沼气发展的相关目标，关键要解决当前生物天然气工程和大型沼气工程建设运营中面临的行业壁垒、体制障碍、政策瓶颈、标准缺失等问题。上述负责人表示，“十三五”期间，有关部门将建立多元化投入机制。创新政府投入方式，健全政府和社会资本合作机制，充分发挥政府投资放大效益。探索和完善规模化沼气工程的碳排放权交易机制。
同时，完善农村沼气优惠政策。研究建立规模化养殖场废弃物强制性资源化处理制度和激励机制，完善沼气沼肥等终端产品补贴政策。比照资源循环型企业的政策，支持从事利用畜禽养殖废弃物、秸秆等生产沼气、生物天然气的企业发展。研究建立健全并落实规模化沼气和生物天然气工程项目用地、用电、税收等优惠政策。
此外，营造产品公平竞争环境。严格落实有关法律法规，推进生物天然气和沼气发电无障碍并入燃气管网及电网并享受相关补贴，对生物天然气和沼气进行全额收购或配额收购，保障生物天然气、沼气发电、沼气集中供气获得公平的市场待遇。