《意见稿》指出，行政处罚由商务部在法定职权范围内实施，商务部所属机构(包括内设机构、各特派员办事处、直属事业单位等)不得以自己的名义实施行政处罚。没有法律、行政法规或规章的规定，商务部不得委托其他组织实施行政处罚。
《意见稿》还指出，商务部设立行政处罚委员会，作为商务部行政处罚案件的审理机构。行政处罚委员会通过召开审理会的方式审理行政处罚案件。商务部法制工作机构是商务部行政处罚委员会的办事机构，负责组织、安排行政处罚委员会的审理会，组织召开听证会，听取当事人陈述、申辩，制作相关法律文书，承担行政处罚委员会的日常工作。
《意见稿》规定，行政处罚案件调查终结后，拟作出行政处罚的，调查机关应当制作《案件调查终结报告》及证据目录，连同证据材料一并移交商务部行政处罚委员会。《案件调查终结报告》应写明案件的事实情况、调查过程、相关证据及违反的法律规定，并对案件的处理及依据提出初步意见。
《案件调查终结报告》及证据等材料移交行政处罚委员会后，由法制工作机构进行初步审查。
《意见稿》提到，法制工作机构认为案件中个别事实不清的，可以要求调查机关作出解释、说明。必要时，法制工作机构可以直接向有关单位及人员调查、了解情况。法制工作机构经过审查，认为案件主要事实不清、证据不足的可以退回调查机关补充调查。
法制工作机构经审查，认为案件主要事实清楚、证据充分的，应当制作《案件审查报告》。《案件审查报告》应当包括案件基本情况、违法事实、拟作出的行政处罚决定及依据。法制工作机构应当及时将《案件调查终结报告》、《案件审查报告》等材料提交行政处罚委员会，由行政处罚委员会召开审理会对案件进行审理。
《意见稿》还提到，行政处罚委员会应当召开审理会，经集体讨论，充分协商，根据案件不同情况，分别提出如下处理意见：一是涉嫌构成犯罪的，交由调查机关依法移送司法机关；二是违法事实不成立的，不得给予行政处罚；三是违法行为轻微、依法可以不予处罚的，不予行政处罚；四是确有应受行政处罚的违法行为的，根据情节轻重及具体情况，确定拟作出的行政处罚种类及幅度。
《意见稿》明确，法制工作机构应当按照行政处罚委员会确定的处罚意见制作行政处罚告知书，书面告知当事人拟作出行政处罚的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有陈述、申辩的权利。拟作出3万元以上(不含3万元)罚款或责令停产停业、吊销许可证或执照的行政处罚的，应当在行政处罚告知书中告知当事人有要求举行听证的权利。当事人要求陈述、申辩或者举行听证的，应当在收到行政处罚告知书后3日内向法制工作机构提出。法制工作机构应当充分听取当事人意见，并对有关情况进行复核。
《意见稿》还明确，当事人要求举行听证的，由法制工作机构按照《中华人民共和国行政处罚法》的规定组织听证会。当事人有重大陈述、申辩意见，法制工作机构经审查认为有可能影响行政处罚决定，或者依当事人申请举行听证会的，行政处罚委员会应当召开审理会对案件进行复审。
《意见稿》最后强调，商务部在执行罚款、没收违法所得等行政处罚时，应当实行罚缴分离的制度。罚款及没收违法所得应由当事人就地上缴国库。