随着城乡不动产实施统一登记，房、地分散登记时期形成的历史遗留问题不时出现，如土地权属来源合法但原开发建设单位未及时申请办理国有土地使用权初始登记，房屋建设单位在国有建设用地开发中存在用地手续不全、擅自改变用途、未按要求缴纳相关税费等情形而未办理国有土地使用权登记等等，从而使购房人凭已取得的房屋所有权证书申请办理不动产转移登记时，可能面临“开发商没了”“土地信息资料不见了”“原开发企业破产了”“开发商没有补齐土地出让金”“手续不全”等一系列问题困扰。
为此，两部门要求不动产登记机构和房屋交易管理部门加强配合，共同协商，推动地方政府依法合规分类妥善处理，及时为群众解决问题，但要防止小产权房通过不动产登记合法化。
为进一步解决不动产登记“中梗阻”问题，切实便民利民，两部门要求房屋交易与不动产登记机构分设的地方，两部门进驻同一个服务大厅，设置同一个受理窗口，按照“进一个门、跑一次路”原则，实现房屋交易与不动产登记有效衔接，一个窗口受理。涉及交易需办理事项，一般交易业务3个工作日内办结，较为复杂的5个工作日内办结。凡是能够通过网上办理的房屋交易和不动产登记事项，不得要求当事人到现场办理。