推行水产健康养殖制度。完善养殖水域滩涂规划，科学划定禁止养殖区、限制养殖区和养殖区，严格控制限养区养殖规模，科学确定养殖容量和品种。优化水产养殖布局，稳定近海养殖规模，拓展外海养殖空间，合理确定湖泊、水库等公共水域内养殖规模，稳定池塘养殖。大力发展水产标准化生态健康养殖，积极发展大水面生态增养殖、工厂化循环水养殖、池塘工程化循环水养殖、种养结合稻田养殖、海洋牧场立体养殖、外海深水网箱养殖等健康养殖模式，深入开展水产健康养殖示范场和示范县创建活动。推动建立水产养殖清洁生产制度，加强全价人工配合饲料的研发和推广，加快推进水产养殖节水减排。优化养殖品种结构，加强品种创新，积极推广新品种，大力发展适销对路的名特优品种、高附加值品种、低消耗低排放品种。强化水生动物疫病防控，加快建立渔业官方兽医制度，推进水产苗种产地检疫和监督执法，加强重大水生动物疫病监测预警，支持渔用疫苗研发推广，提高疫病防控和应急处置能力。
推进水生生物保护。加快推进长江流域全面禁捕，率先在长江流域水生生物保护区实现禁捕。实施海洋渔业资源总量管理制度，完善海洋渔船“双控”和伏季休渔制度，继续推进减船转产，开展捕捞限额试点，严厉打击“绝户网”等非法捕捞行为。开展渔业资源调查和生态环境监测，建立健全渔业资源生态补偿机制，监督落实补救措施。制定增殖渔业发展规划，加大增殖放流力度。积极推进以海洋牧场建设为主要形式的区域性综合开发，建立以人工鱼礁为载体，底播增殖为手段，增殖放流为补充的海洋牧场示范区。加强水生生态保护修复，推进以渔净水，促进湖库渔业转型升级和生态环境修复协调发展。